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| - Nel settembre del 1859 Francesco Bonaini, soprintendente generale agli Archivi toscani, ottenne da Cosimo Ridolfi, ministro della pubblica istruzione nel governo provvisorio della Toscana, l'incarico di occuparsi della istituzione di un Archivio di Stato in Pisa, a somiglianza di quanto era avvenuto per le città di Lucca e di Siena. La creazione di un archivio pubblico in Pisa veniva ad esaudire un desiderio da lungo tempo accarezzato dagli studiosi locali: ricordiamo che, già nella seconda metà del '700, Flaminio Dal Borgo aveva lamentato, nella prefazione alla sua Raccolta di scelti diplomi Pisani, l'estrema dispersione del patrimonio documentario di Pisa ed aveva auspicato che quanto di quel patrimonio era sopravvissuto alla distruzione delle guerre e all'incuria fosse raccolto in un unico archivio. L'AS Pisa venne istituito con decreto del governo provvisorio toscano in data 22 febbr. 1860 [Cfr. Atti e documenti editi e inediti del governo della Toscana dal 27 aprile in poi, V, Firenze 1860, p. 276]. La premessa del decreto dichiarava che non poteva negarsi "un tal decoro e benefizio" a Pisa, "città di grandi memorie e di grandi monumenti" che, per di più, era sede della maggiore università toscana. L'art. 3 stabiliva che dovevano essere riuniti nel costituendo Archivio le pergamene sciolte conservate presso archivi o istituti pubblici in applicazione del motuproprio di Pietro Leopoldo del 24 dic. 1778 che aveva istituito in Firenze l'Archivio diplomatico, gli atti, le deliberazioni e i carteggi degli anziani di Pisa, sottratti dai fiorentini nella prima e nella seconda dominazione; l'archivio della comunità di Pisa, ad eccezione degli atti più moderni ancora interessanti l'amministrazione municipale; i documenti fino al 1814 conservati presso l'archivio della prefettura; gli archivi dell'opera della primaziale, degli spedali riuniti, della gabella dei contratti e della dogana, nonché l'archivio dell'ordine di Santo Stefano soppresso nel 1859. L'art. 4 del decreto lasciava al soprintendente generale agli Archivi toscani il compito di proporre quelle successive riunioni di fondi che ritenesse necessarie per completare la documentazione Pisana. Al momento della inaugurazione, avvenuta il 4 giugno del 1865, nell'AS Pisa erano confluiti i fondi previsti dal decreto di istituzione e vi si erano aggiunte le carte dell'università, dei tribunali, della pia casa di misericordia e le pergamene del conservatorio già monastero di S. Anna di Pisa. Due anni più tardi, su proposta di Francesco Bonaini, un decreto del ministero della pubblica istruzione datato 23 ottobre 1867 stabilì che gli archivi delle corporazioni religiose del territorio Pisano, soppresse con i decreti del governo francese del 1808 e del 1810, per un totale di oltre duemila pezzi, fossero trasferiti nell'Archivio pisano da quello fiorentino. Lo stesso decreto prevedeva che fossero ricondotte in Pisa tutte le pergamene Pisane confluite nell'Archivio diplomatico fiorentino in virtù del ricordato motuproprio di Pietro Leopoldo del 1778. Tale reintegrazione venne effettuata nel gennaio del 1869 ed è documentata in una memoria di Francesco Bonaini, dal titolo Documenti pisani restituiti al R. Archivio di quella città, pubblicata dall'amministrazione municipale di Pisa nello stesso anno 1869. Nel decennio 1860-1870 si era così venuto creando un grosso complesso documentario che verrà in seguito incrementato da versamenti di uffici pubblici statali, e da depositi e acquisti di archivi non statali. Nel 1865, editi per volontà dell'amministrazione municipale Pisana, erano usciti due opuscoli di Francesco Bonaini: l'uno conteneva il discorso da lui pronunziato per l'inaugurazione dell'Archivio, l'altro, dal titolo Il Regio Archivio di Stato di Pisa nel giugno del 1865, tracciava un inventario sommario dei fondi del nuovo istituto, con l'avvertenza che si trattava di una sistemazione bisognosa di studi più approfonditi. Questo libretto è particolarmente interessante poiché mette in evidenza un tipo di inventariazione del materiale documentario che ha lasciato tracce profonde tuttora evidenti. Separate le pergamene, che andarono a costituire l'Archivio diplomatico, dai fondi di provenienza, il resto del materiale era suddiviso con questo criterio: archivio della repubblica Pisana fino alla seconda soggezione al dominio fiorentino (1509); archivio del comune di Pisa sotto la dominazione della repubblica fiorentina e delle due dinastie granducali in cui erano compresi atti del comune e archivi governativi dell'Ufficio dei fossi, del Commissario, dell'Auditore di governo di Pisa e altri archivi minori; archivio del governo di Pisa sotto la dominazione francese; archivio del governo granducale dopo la restaurazione del 1814. A parte stavano gli archivi di istituzioni pie, dell'Opera della primaziale, dell'Università, dell'ordine di S. Stefano. Questo tipo di sistemazione in base a criteri cronologici che riflettevano le partizioni storico-istituzionali, che Bonaini riteneva indispensabili per la comprensione della storia cittadina, fu ripreso subito dopo da Clemente Lupi. Nel 1866 il Lupi ebbe da Leopoldo Tanfani Centofanti, allora direttore dell'AS Pisa, l'incarico di effettuare l'inventario di quello che ne era considerato il nucleo fondamentale, cioè l'archivio del comune. Il Lupi si occupò, innanzitutto, delle serie delle provvisioni e consigli degli anziani del popolo (di cui molti anni più tardi curò una pubblicazione) e, successivamente, di tutto il comune. Egli collocò nel diplomatico, tranne alcune eccezioni, gli atti provenienti dal fondo Atti pubblici dell'archivio delle riformagioni di Firenze e stabilì la divisione dell'archivio comunale in sei sezioni: Comune, Divisione A (Pisa repubblica indipendente fino al 1406); Comune, Divisione B (prima dominazione fiorentina 1406-1494); Comune, Divisione C (secondo periodo di libertà 1494-1509); Comune, Divisione D (governo mediceo-lorenese 1509-1808); Comune, Divisione E (governo francese 1808-1814); Comune, Divisione F (periodo della restaurazione lorenese 1815-1859 e governo italiano 1859-1865). Questo tipo di ordinamento, privilegiando l'applicazione di cesure cronologiche così nette, non sempre trovava piena corrispondenza nelle serie d'archivio. Inoltre come si legge anche nella pubblicazione di Mario Luzzatto, l'ordinamento dell'archivio del Comune di Pisa, poteva favorire la possibilità di equivocare tra l'espressione "comune" nel senso medievale di città-Stato e quella più vicina all'uso moderno. La divisione "storica" del Lupi è comunque ancora alla base dell'ordinamento dell'archivio comunale, sebbene vi siano stati ulteriori rimaneggiamenti in epoca successiva. In particolare le partizioni relative alla documentazione preunitaria sono rimaste inalterate e ad esse si fa riferimento in questa voce che riprende, nella sostanza, lo schema del Bonaini, da cui muove l'ordinamento del Lupi. Presso l'AS Firenze si trovano tuttora i documenti notarili Pisani, quelli delle compagnie religiose e, in parte, delle corporazioni religiose soppresse, nonché una miscellanea con documenti dal sec. XIV. Al momento della sua inaugurazione l'AS Pisa trovò la sua sede nell'edificio sovrastante la Loggia de' Banchi, che fu congiunto al palazzo Gambacorti. Così ne parla Bonaini nel suo Rapporto sugli Archivi Toscani fatto a sua Eccellenza il Barone Natoli senatore del Regno ministro della Pubblica Istruzione, Firenze 1866: " A Pisa ove un archivio patrio (antico desiderio) era generosamente da que' cittadini favorito, fu bello che a conservare la memorie scritte della Repubblica fosse destinato lo storico palazzo dei Gambacorti, restituito alle antiche forme; ma fu d'uopo congiungervi con spese industri l'edificio sovrastante alla Loggia del Buontalenti " (p. XV). Agli inizi del Novecento la maggior parte del materiale documentario fu trasferita sul Lungarno Mediceo, nel bel palazzo cinquecentesco con rimaneggiamenti dell'Ottocento, allora appartenente ai conti Toscanelli. Il palazzo Toscanelli, successivamente acquistato dallo Stato, è ancora oggi la sede principale dell'AS Pisa, che mantiene anche una sede distaccata nella Loggia de' Banchi.
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